临床应注意与肺炎链球菌感染相鉴别。

典型的肺炎克雷白杆菌肺炎常发生于中老年男性、长期饮酒的慢性支气管肺病患者，有较典型的临床表现和X线征象，结合痰培养结果，不难诊断。但在有严重原发疾病基础上的发病者，临床表现多不典型，诊断较为困难。凡在原有疾病过程中出现高热、白细胞和中性粒细胞增多X线胸片上出现新的浸润病灶而青霉素治疗无效者应考虑本病。连续2次或2次以上痰培养阳性，或胸腔积液血培养阳性可以确诊多数败血症患者的白细胞总数明显增多嗜中性粒细胞增高;但血液病患者或用抗代谢药物者白细胞数可不增加或反有减少。其他如尿路感染及脑膜炎患者的尿液及脑脊液均有相应变化。确诊应根据细菌培养结果。 鼻硬结亚种所致慢性肉芽肿性硬结症，活组织检查中找到Mikulicz细胞具确诊价值。