本品对恶性疟包括耐氯喹恶性疟和凶险疟的疗效极佳，疗效迅速，近期疗效可达100%。国内一项报道，1978～1980年治疗恶性疟116例，其中脑型17例，除1例脑型极重型死亡外，其他均临床治愈，提示治疗耐氯喹恶性疟、凶险疟疗效良好，使用安全，无毒副作用。另应用蒿甲醚治疗83例恶性疟疾，肌注，每天1次，连续5天为1个疗程，儿童用量递减。结果临床治愈率100%，退热时间为37h，平均疟原虫无性体转阴时间为47h，35天内的复发率达13%。建议总量不宜低于600mg。本品尚有退热作用，临床还试用于急性上呼吸道感染的高热患者，退热作用尚好。