莫昔沙星对肺炎链球菌很敏感，为第4代氟喹诺酮类抗菌药物中活性最强者之一。本品抗菌谱广，几乎包括所有引起呼吸道疾病的病原体。莫昔沙星作为呼吸道感染一线治疗药用于慢性支气管炎的急性发作(AECB)、急性鼻窦炎、社区获得性肺炎(CAP)和无并发症的皮肤感染。德国根据8000多例慢性支气管炎的急性发作者、社区获得性肺炎和急性鼻窦炎患者的临床试验数据表明，它与对照品有相同疗效。国外报道，700例社区获得性肺炎患者口服本品，每天1次，每次400mg，连续10天，结果临床有效率为94.4%，细菌学清除率为91%。疗效与阿莫西林每天3次、每次1g或甲红霉素每天2次、每次500mg相当。另在其他4项临床研究中，支气管炎急性发作的患者口服本品，每天1次，每次400mg，连续5～10天，结果临床有效率为89%，细菌学清除率为87%。对照组分别口服甲红霉素(每天2次、每次500mg)或头孢呋辛(每天2次、每次250mg)，连续5～10天，临床有效率分别为83%和77%。另一报道，对1090例急性鼻窦炎患者应用本品，每天1次，每次400mg，连续7天，结果临床有效率和细菌学清除率分别为92.5%和95.6%。对照组口服头孢呋辛，每天2次，每次250mg，连续10天，临床有效率和细菌学清除率分别为92.8%和87.7%。急性上颌窦炎最常见的病原菌为流感嗜血杆菌和肺炎链球菌，两项随机、双盲、多中心的临床研究表明，以本品每天400mg口服，连续10天，或头孢呋辛酯每次250mg，每天2次，连续10天，或曲伐沙星每天2000mg，连续10天。结果本品临床症状消失率分别为90%(200/223)和88%(223/253)，头孢呋辛酯为89%(209/234)，曲伐沙星为89%(232/260)。