2.分类 肛瘘的分类方法较多，但不外乎以肛周直肠周围脓肿的所在部位、瘘管行程与肛管括约肌的关系而分。目前多按瘘管与括约肌的关系将肛瘘分为4类(图2)。 
(1)括约肌间肛瘘：多为低位肛瘘，最常见，约占70%，为肛管周围脓肿的后果。瘘管只穿过内括约肌，外口常只有1个，距肛缘较近，约3～5cm。少数肛管向上，在直肠环肌和纵肌之间形成盲端或穿入直肠形成高位括约肌间瘘。 (2)经括约肌肛瘘：可以为低位或高位肛瘘，约占25%，为坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过内括约肌、外括约肌浅部和深部之间，外口常有数个，并有支管互相沟通。外口距肛缘较近，约5cm左右，少数瘘管向上穿过肛提肌到直肠旁结缔组织内，形成骨盆直肠瘘。 (3)括约肌上肛瘘：为高位肛瘘，少见，占5%。瘘管向上穿过肛提肌，然后向下至坐骨直肠窝穿透皮肤。由于瘘管常累及肛管直肠环，故治疗较困难，常需分期手术。 (4)括约肌外肛瘘：最少见，占1%，为骨盆直肠脓肿合并坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过肛提肌直接与直肠相通。这种肛瘘常由于克罗恩病、肠癌或外伤所致，治疗要注意其原发病灶。以上分类在高低位方面较细致，有利于手术方法的选择。 Marks及Ritchie(1977)列表比较了以上4种主要肛瘘的特点(表1)，说明括约肌间肛瘘临床表现单纯；而后3种肛瘘通常病史长，手术及脓肿引流次数多，马蹄形蔓延多见，外口在侧方及多个外口的情况也多见。 
临床上常简单地将肛瘘分为低位或高位2类，前者是瘘管位于肛管直肠环以下，后者是瘘管在肛管直肠环以上。也有从瘘管的形状分为直瘘、弯瘘及蹄铁形肛瘘，直瘘常为低位肛瘘，蹄铁形肛瘘常为高位，弯瘘可以是低位，也可以是高位。从病理变化上，又可分为化脓性肛瘘及特异性感染所致的肛瘘。
检查：外口呈乳头状突起或肉芽组织的隆起，压之有少量脓液流出，低位肛瘘常只有1个外口，若瘘管位置较浅，可在皮下摸到一硬索条，自外口通向肛管(图4)。高位肛瘘位置常较深，不易摸到瘘管，但外口常有多个。由于分泌物的刺激，肛周皮肤常增厚及发红。 
如肛管左右侧均有外口，应考虑为“蹄铁形”肛瘘。这是一种特殊的贯通括约肌肛瘘，也是一种高位弯形肛瘘，瘘管围绕肛管，由一侧坐骨直肠窝通到对侧，成为半环形，如蹄铁状故名。在齿状线附近有一内口，而外口数目可多个，分散在肛门左右两侧，其中有许多支管，向周围蔓延。蹄铁形肛瘘又分为前蹄铁形和后蹄铁形两种。后者多见，因肛管后部组织比前部疏松，感染容易蔓延。 2．瘘口分布规律 肛瘘的外口与内口的分布有一定规律性，Goodsall(1900)曾提出：在肛门中点划一横线，若肛瘘外口在此线前方，瘘管常呈直线走向肛管，且内口位于外口的相应位置；若外口在横线后方，瘘管常呈弯形，且内口多在肛管后正中处，一般称此为Goodsall规律(图5)。多数肛瘘符合以上规律，但也有例外，如前方高位蹄铁形肛瘘可能是弯形，后方低位肛周脓肿可能是直形。临床上观察到，肛瘘的直与弯，除与位于肛管的前、后有关系外，与肛瘘的高位及低位，与外口距肛缘的远近，都有一定关系。Cirocco(1992)曾对一组肛瘘病例进行回顾性分析，以检验Goodsall规律预测肛瘘走行的准确性，认为该规律对预测后方外口的肛瘘走行相当准确，特别是女病人，有97%内口位于后正中肛隐窝，但对前方外口的肛瘘预测不准，仅49%有放射状瘘管符合该规律，因Goodsall未认识到前方肛瘘也有9%起源于前正中肛隐窝。 
5.肛管超声 对括约肌间瘘有时有确诊价值，但无法确诊括约肌外瘘及经括约肌瘘。 6.MRI检查 Lunniss报道了35例此法检查结果，与手术结果一致率分别为：原发性肛瘘(85.7%)，继发瘘和脓肿(91.4%)，蹄形瘘(64.3%)，瘘内口80%。从而认为MRI检查时确诊肛瘘位置有极高的准确性。临床正确使用MRI不仅可以提高手术成功率，而且可监测复杂性肛瘘是否完全愈合。