非肾上腺素增生性假两性畸形 的病因母亲和外源性雄激素增多引起的性分化异常，包括第1孕季应用具有潜在性雄激素活性的孕激素(19-去甲基睾酮衍生物，包括炔孕酮、炔诺酮、异炔诺酮、达那唑、孕三烯酮、左炔诺酮以及甲羟孕酮)和雄激素制剂，引起男性化，第2孕季应用仅引起阴蒂肥大，尿生殖窦畸形。妊娠期母体患有男性化肿瘤包括男性细胞瘤(arrhenoblastomas)、转移性卵巢癌(Krükenberg tumors)、黄体瘤(luteomas)、类脂瘤(lipoid tumors)、间质细胞瘤(stromal cell tumors)和间质细胞增生症(hyperthecosis)也可引起女胎男性化。 非肾上腺素增生性假两性畸形 的发病机制在孕期服用性激素促使男性化的发生与下列因素有关：如性激素的种类及剂量；孕期的早晚；胎盘的渗透性及其代谢作用；孕妇对外源性激素的代谢及降解功能；以及胎儿生殖系统组织对性激素的敏感度和代谢功能障碍等。 治疗先兆流产时服用的孕激素多为人工合成制剂，其生物作用特性不仅有孕激素的作用，还有雄激素的作用，而且合成孕激素的作用较自然的黄体酮强10倍以上，其排泄缓慢，作用时间较长，故易导致女胎男性化。服用雌激素致女胎男性化是因为合成的雌激素可使黄体酮的代谢紊乱而产生雄激素所致，以及合成的雌激素可以刺激胎儿的肾上腺皮质，促其分泌雄激素。
流行病学表现服用孕激素使女性胚胎或胎儿男性化的几率远较雌激素和雄激素高。这是因为孕期使用性激素多是因治疗先兆流产的需要，在治疗时往往多首选孕激素。据Jchuzuk(1964)的统计，在2421例曾使用大量的黄体酮的孕妇中，有27名女胎男性化，约为1.16%，若按以所生胎儿的一半为男性的比例计算，其发生率在2%左右。
